《本草崇原》，三卷，约始撰于康熙十三年（1674），此书摘录《本草纲目》中本经药233味，（另有附品56种），作“崇原”之论。
自序云“诠释《本经》阐明药性，端本五运六气之理，解释详备，”有探讨药性理论之意，药分上中下三品，从药物性味、生成、阴阳五行属性、形色等入手，结合主治疾病之机理，阐明功效，崇本求原思想，对徐大椿、陈修园等影响颇大。